Acredito que seja uma dúvida de vários programadores, em como alterar o arquivo web.config, segue um exemplo no qual consegui com a colaboração de Israel Aéce.
Basicamente você apenas precisa importar o namespace System.Web.Configuration, abrir o arquivo Web.Config onde estão as connectionstrings e alterá-las ou adicionar uma nova connectionstring. Um exemplo é algo como: Configuration webConfig = WebConfigurationManager.OpenWebConfiguration("~"); ConnectionStringsSection dbConnString = webConfig.ConnectionStrings; //Alterando dbConnString.ConnectionStrings["DBOrders"].ConnectionString = "TUA NOVA CONNSTRING AQUI"; //Adicionando dbConnString.ConnectionStrings.Add( new ConnectionStringSettings("MDBTest", "MDB ConnString", "System.Data.OleDb")); webConfig.Save();